Bueno, yo hago algo mucho más simple: se trata de escribir una línea con una sola palabra, donde te vas a quedar, una palabra que no exista en el texto y que a la vez resulte fácil de recordar, algo tan simple y tan obvia como esta, que es la que yo uso:
seguiraqui
Cuando quieres reanudar la lectura, pues en el cuadro buscar buscas esa palabra, borras la línea y listo.
Para convertir libros epub a texto plano, a word y otros, se usan programas como calibre que lo hace automáticamente, o bien si quieres hacerlo a mano... bueno, algo complicado pero se puede.
primero le cambias la extensión epub a zip, y ahora puedes entrar en la carpeta y manipularla como un zip.
Entras en ella y entras en la carpeta OEBPS y ahí en la carpeta text.
ahí encuentras archivos .xhtml, que se abrirán con el navegador al pincharlos. los lees y eso es el libro. vas comprobando lo que dicen, copias y pegas en orden en el block de notas.
Normalmente encontrarás titulo.xhtml, portada.xhtml, autor.xhtml, o parecidos, y según la extensión del libro una cantidad de archivos del tipo seccion001.xhtml, seccion002.xhtml... etc, o pueden ser parte001.xhtml, cap001.xhtml, o similares, eso ya lo verás al mirarlo.
Y ese es todo el misterio de un epub.